针对国家重大战略需求，发挥多学科交叉优势，中科院分子影像重点实验室在开放课题上遵循立足信息技术，加强临床开放合作，联合临床医院和高校的优势资源，共同推动分子影像发展的原则，主要采用与临床医院合作，通过开放课题及深入合作解决临床面临的系列挑战性问题；同时与高校合作共同研究发展新型成像技术方法。评估期内依托中科院自动化所，设置开放课题30项，支持经费150万元；覆盖国内22家高校、科研单位和医院；来自临床医院人员承担课题占26项，占课题总数的86%；来自高校和科研院所技术研发人员承担课题4项，占课题总数的14%。
在分子成像理论方法上、技术研发上、系统设备上、预临床验证上及临床应用上分别设置开放课题，深化多学科交叉，加强实验室内外交流合作，实现分子影像不同环节上的研究与应用。
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基于fMRI的神经性耳聋患者脑功能可塑性机制的研究
光学分子影像与亚甲蓝联合法在乳腺癌前哨淋巴结活检中的应用
基于光学/磁共振双模融合成像技术对肝纤维化行为评价研究
